Alphonse I (1456 -1543) fils du premier roi converti au christianisme, Mpanzu a Muzinga, fut roi du peuple Kongo entre 1505 et 1507.
Impressionné par la modernité des Portugais suite à la visite en 1489 d'une ambassade du royaume de Kongo au roi du Portugal et l'établissement de missionnaires franciscains en 1490, il cherche à faire de son pays une nation moderne. Il s'ouvre ainsi largement au christianisme, et surtout à l'éducation que les missionnaires donnent à la jeunesse. Il demanda au roi du Portugal d'envoyer plus de missionnaires ainsi que des artisans dans le but de moderniser son peuple. Des jésuites arrivent au Kongo en 1548 et ouvrent une première école entièrement financée par le roi.
Sa dépendance trop grande vis-à-vis des portugais annonce cependant le déclin du royaume. Le commerce des esclaves prend de l'ampleur à partir de 1510 via l'île de São Tomé et il ne peut le combattre par crainte de perte de pouvoir face aux vassaux ou provinces qui profitaient économiquement de la traite. Si les razzias étaient organisées par des vassaux du roi, les portugais, missionnaires ou pas, étaient largement engagés dans le commerce lucratifs des esclaves, et leur 'exportation' hors d'Afrique.
Après le roi Afonso Ier (1506-1543), ses successeurs perdent tour à tour leur pouvoir suite aux arrivées successives sur la cote des Hollandais, des Français et puis des Anglais. Le pouvoir congolais a été partage entre deux familles et les Chimulaza (Ki-mulaza ou Nlasa) et les Chimpanzu (Ki-mpanzu ou Mpazu), les Ki-mpanzu ayant fourni douze Rois jusqu'en 1636, date à laquelle les Ki-mulaza se revoltent, massacrent les Ki-mpanzu et imposent un Roi,Alvaro VI (1636-1641). Son frère Garcia II (1646-1661) lui succède et oriente la politique anti-portugaise en s'alliant aux Hollandais et aux Britanniques. Le fils de GarciaII,Antonio I,sera tue par les portugais a Mbwila en 1665. Après 1665, le pouvoir se partage entre trois villes ou régions: San Salvador, le Mont KINBAGU et BULA. La situation se complique du fait de l'autonomie du territoire de Soyo. Les rois se succèdent en cascade dans les trois villes. La dimension de la crise apparait entière dans les sursauts du pouvoir à San Salvador: Alvaro VII (1665-1666), AlvaroVIII (1666-1669), Raphael I ’expulse en 1669, Alvaro IX (1669-1672), a nouveau Raphaël (1672-1674), et Daniel I (1674-1678). Celui-ci ayant décidé d'attaquer Garcia, Roi de Kimbangu, est battu en chemin par le Roi de Bula, Don Joao ce qui entraine la destruction de San-Salvador. La ville, entièrement rasée, sera donc abandonnée de 1678 à 1703. Fin Décembre 1695 a la mort d'Alvaro X, le prince Pedro d'Agua Rosada se proclame roi en prenant le nom de Pedro IV. Le jeune roi s'installe à San - Salvador, ville qu'il abandonne l'année suivante, dans la crainte d'y être attaque par un rival, et il retourne au Mon Kimbagu. Si les missionnaires peuvent envisager de passer sur cette condition, cela est strictement interdit aux princes congolais et la situation reste donc dans une impasse ,malgré les efforts des premiers et d'une partie de la noblesse pour résoudre les conflits qui désolent le pays. cette situation de crise est vivement ressentie par les Congolais, qui veulent atteindre une unité leur permettant de faire face aux pressions, aux exigences et aux extorsions des Européens. Forces d'agir en ordre disperse, ils compromettent par-là, même toute possibilité de résistance efficace. Il fallait remédier a la situation de façon radicale, pour éliminer les sources de désordre et faire naitre enfin un pouvoir apolitique capable de s'opposer tant aux étrangers qu'aux facteurs nationaux de troubles.