Au XVIème siècle, l'armée comptait près de 100 000 hommes. Toutefois, équipée d'arcs, de sagaies et de couteaux de jet, elle ne pouvait rivaliser avec les mousquets des Européens qui terrorisaient la population. Aussi quand les liens commencèrent à se distendre entre les deux pays et que les nouveaux souverains eurent besoin de main-d'œuvre pour leurs plantations du Brésil, ses représentants pressèrent le roi de San Salvador de lui fournir des esclaves en nombre toujours plus grand. Par la suite, ce furent aux colons établis à Sâo -Tome de se comporter comme en pays conquis au près d'un souverain qui refusait de livrer ses propres sujets. Soumis à la traite, les peuples voisins se soulevèrent et, pour sauver son trône, le roi Alvaro fit appel aux Portugal (1569), en échange d'un acte d'allégeance. La traite à destination du Brésil saigna le pays et le reste de l'Afrique Centrale et australe (par le Mozambique). Devenu vassal du Portugal, le royaume de Kongo cessa d'exister après la bataille d'Ambouila (1665), causée par le refus du roi Antonio, de dévoiler l'emplacement de ses mines d'or et de cuivre. Sa tête, ramenée à Luanda, signifia la fin du royaume (1665). Plus tard, une jeune Angolaise répondant au nom de Kimpa Vita (Dona Béatrice, ou Béatrice du Kongo), souleva ses compatriotes autour du mouvement syncrétique des antoniens. Mais le sursaut de celle qu'on a surnommé la Jeanne d'Arc du Kongo, et qui fut brûlée vive pour hérésie, fut sans lendemain.